يباشر المجلس الوطني للتعليم والبحث والابتكار جميع الاختصاصات اللازمة لتحقيق أهدافه، وله بصفة خاصة الاتي:

- وضع الاستراتيجية الوطنية والخطط والبرامج لتطوير التعليم والبحث والابتكار وآليات متابعة تنفيذها بالتنسيق مع الوزارات والجهات والأجهزة المعنية

- مراجعة وتحديث الأولويات الوطنية في مجال التعليم والبحث والابتكار في القطاعات المختلفة، وإعداد التوصيات المتعلقة بالاطر الفنية والإدارية والقانونية اللازمة لتطوير العملية التعليمية، واقتراح سبل تطويرها والارتقاء بها مع مراعاة تكامل مخرجاتها مع متطلبات سوق العمل المحلي والدولي

- وضع مخطط قومي لتطوير البنية التحتية للمدارس والمعاهد الأزهرية بجميع أنواعها ومراحلها، بما يتوافق مع توزيع الجامعات والمعاهد والمناطق الصناعية والمشاريع القومية ومتابعة تنفيذ هذا المخطط مع الوزارات والجهات والأجهزة المعنية

- وضع مخطط تنفيذي لسياسيات التدريب مع جميع المراحل التعليمية ما بعدها والتوعية بأهمية التعليم الفني والتدريب والتخصصات المستحدثة في هذا المجال، ودوره في دعم الاقتصاد القومي وكذا وضع مخطط تسويقي لمخرجات التعليم والبحث والابتكار محليا ودوليا

اقتراح سبل تطوير المؤسسات القائمة على تنفيذ العملية التعليمية، ونظم تشغيلها وأليات التنسيق اللازم مع الوزارات والجهات والأجهزة المعنية بما يضمن تحقيق الأهداف المخططة

- اقتراح معايير وشروط اختيار المسئولين عن منظومة التعليم والبحث والابتكار في ضوء اعتبارات الكفاءات العلمية والإدارية بما يضمن الارتقاء باداءاها

- اقتراح سبل وآليات تطوير الهيكل التنظيمي للبحث والابتكار، لتحقيق المستهدف من مجاالات العلوم المختلفة في إطار رؤية تتناسب مع الإمكانيات العلمية والمادية المتاحة للدولة

-وضع وتطوير رؤية شاملة لرعاية الموهوبين والنابغين والعباقرة خلال المراحل المختلفة بما يضمن الاستغلال الأمثل للمؤسسات والطاقات القائمة عليها

- إصدار تقرير دوري شامل عن تطور منظومة التعليم بجميع أنواعه وجميع مراحله كل عامين بالتعاون مع العيئات المختصة بضمان الجودة والاعتماد، يقدم إلى مجلس الوزراء ومجلس النواب